В 1925 г. при участии врачей Томского Физиотерапевтического института, курорт был переоборудован. В 1926 году под руководством профессора М.Г. Курлова, была проделана огромная работа по изучению влияния лечебных ванн озера Карачи на организм человека, в котором всесторонне была освещена жизнь грязелечебного озера, его развитие, а так же методики лечения заболеваний опорно-двигательного аппарата, нервных болезней, заболеваний сердца, гинекологических заболеваний. Были сделаны выводы, что «при массе гинекологических заболеваний и при скудности грязевых оборудованных курортов, методу лечения вагинально-грязевыми тампонами должно быть уделено особое внимание не только на курорте, но и в городских амбулаториях и больницах». С этого момента курорт Озеро Карачи занял первое место в числе бальнеологических курортов Сибири.
Большую роль в развитии курорта и изучении его природных богатств сыграли профессора Томского государственного университета М.Г. Курлов и Т.О. Валединский. Профессор М.Д. Рузский собрал прекрасную коллекцию представителей фауны Барабинской лесостепи, ценность которой огромна, так как там сохранились некоторые исчезнувшие с лица Земли виды насекомых. Коллекция сохранена и в настоящее время находится в музее санатория «Озеро Карачи».
Бурное развитие промышленности в Сибири, в частности Кузбасса, с широким вовлечением в производство большого количества рабочих заставило государство поднять вопрос о более длительном и рациональном использовании курорта с его мощным оборудованием и лечебными факторами для лечения профессиональных заболеваний, и с 1931 году курорт стал функционировать круглогодично. Так, если в 1930 году на курорте лечилось примерно 1550 больных, то в 1932 году услугами лечебницы воспользовалось уже 3267 человек.
Важной вехой в истории курорта в 1934 г. стало строительство здания новой грязелечебницы, физио-терапевтического отделения, рентгеновского кабинета, лаборатории, солярия, поликлиники, аптеки, прекрасной купальни. На курорте имелся великолепный курзал, клуб, зал ЛФК. В 1937 году было закончено строительство здания грязеводолечебницы на 40 грязевых кушеток и 44 ванны, это был самый крупный и востребованный народом грязевой курорт того времени.
В годы войны на базе курорта был создан военный госпиталь № 2486 санаторного типа, который обслуживал эвакуационные тыловые госпитали. Тысячи раненных солдат и офицеров Красной армии поправляли свое здоровье на курорте Озеро Карачи. Именно здесь врач А.Н. Быховской разработал оригинальный холодоволоскутный метод грязелечения огнестрельных остеомиелитов, который успешно использовался во многих эвакогоспиталях Сибири и Урала. Во время войны в адрес различных госпиталей было отправлено более 80 т (около 35 вагонов) лечебной Карачинской грязи. Разработанные под руководством профессора И.А. Валединского на курорте «Озеро Карачи» методы бальнеогрязелечения позволили сократить сроки лечения различных огнестрельных повреждений костей и длительно незаживающих ран со 170-200 до 68 дней.
В послевоенные годы значение курорта озера Карачи выросло еще сильнее, чем за все предыдущие годы. Реабилитация ветеранов отгремевших сражений, а также восстановление здоровья тех, кто поднимал страну из руин, стало для сибирских медиков важнейшей задачей. Поэтому на берегу озера выросли новые каменные спальные корпуса, летние павильоны. В 1959 году появилось красивое здание клуба-столовой на 420 мест, в 1966 году было построено два новых жилых корпус, началось совершенно иное научное осмысление такого феномена, как курорт озера Карачи. В 1971 году официально дан статус курорту, как курорту республиканского значения (постановление Совмина РСФСР от 06.01.1971 № 11).
Долгое время курорт испытывал недостаток в питьевой воде, и в 1958 году на глубине 1173 м геологи обнаружили скважину с минеральной водой. Знакомство и познание минеральной воды, получившей название «Карачинская», сразу приобрело научно-исследовательский характер, основанный на тысячах клинических наблюдений, и с 1960 года минеральная вода Карачинская стала применяться на курорте как третий природный лечебный фактор для лечения и профилактики заболеваний желудочно-кишечного тракта. На территории курорта построили питьевую галерею для приема минеральной воды. В конце 60-х годов по инициативе главного врача курорта было принято решение о строительстве в посёлке Озеро Карачи завода по розливу минеральной воды «Карачинская» в стеклянные бутылки. В 1974 году завод был введён в эксплуатацию. Это позволило осуществлять лечение и профилактику заболеваний минеральной водой.
В 90-е годы вместе с перестройкой профсоюзов, на балансе которых санаторий находился несколько десятилетий, он стал приходить в упадок из-за недостатка денежных средств. Для того чтобы здравница продолжала нормально функционировать и помогать тысячам страдающих заболеваниями опорно-двигательного аппарата, нервной системы, желудочно-кишечного тракта, необходима была серьезная реконструкция. Существующие условия уже не обеспечивали достаточного уровня комфорта. Закрывали корпуса из-за их аварийного состояния. Так был закрыт корпус «Бараба», где лечились по путёвкам «Мать и дитя» с 1987 года.
Между тем в санаторий по-прежнему ехали на лечение люди со всей страны и республик ближнего зарубежья.
В 2011 году с приходом нового инвестора-компании «Карачинский источник» начался новый этап в жизни курорта- его возрождение . Была построена новая котельная, прачечная, проведена реконструкция жилого фонда, питьевой галереи, водогрязелечебницы, клуба-столовой, построен новый пирс и купальня на озере, проведены работы по благоустройству территории. Расширена не только медицинская база, но и перечень предоставляемых лечебных услуг.
В 2013 году на курорте введен четвертый лечебный фактор — минеральная лечебной йодобромная вода, которая применяется в виде наружных ванн.
Большой и сложный путь развития прошел курорт Озеро Карачи, но на каждом этапе он приносил огромную пользу гражданам в восстановлении их здоровья, выполняя задачу большой государственной важности.
В 2015 году курорт отмечает свой 135 — летний Юбилей. В планах строительство новых жилых корпусов и спортивного комплекса, саун и бассейна. Уже в скором будущем курорт вновь сможет принимать до 500 человек в сутки.
*Огромная благодарность сотрудникам Томского государственного архива, старейшей библиотеки Томского государственного университета, Томского НИИ курортологии и физиотерапии за предоставленные материалы.